일부 국립대에서 총장직선제에 과거 교수중심 선출구조를 그대로 도입해 갈등을 빚고있다.
  
공주대 모교수는 <학생들이 취업 준비 때문에 총학생회장 선거 참여율도 낮은 상황에서 총장 선거에까지 학생 몫을 늘리게 되면 부작용이 적지않을 것이다.>고 말했다. 

이에 총장의 정책 초점이  학생복지보다는 교수사회에 맞춰질 수밖에 없다는 우려가 제기됐다. 이소원경북대부총학생회장은 <현재 경북대는 교수 80%, 직원 15%, 학생 4%라는 교수회의 직선제 제시안을 두고 구성원간 이견이 큰 상태>라며 <등록금을 내는 재정 기여자이자 주요 구성원인데 학생의 참여 비중을 4%로 제한한 것은 부당하며 최소 10%는 돼야한다.>고 밝혔다. 

또한 교수중심의 선출구조는 과거 직선제에서 나타났던 교수간 파벌 다툼, 관건 선거 등 부작용이 재연될 수도 있다고 지적했다. 

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